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안녕하세요, 팜모닝 입니다.
말씀하신 증상과 비슷한 증상으로는 [ 담배나방 ] 피해가 있습니다.
참고용으로 봐주시고, 정확한 진단은 꼭 전문가의 도움을 받으시길 바라겠습니다.

[담배나방]
-담배나방은 번데기로 월동하고 6월 상순경에 허물을 벗고 1세대 성충(어른벌레)이 발생합니다. 고추의 잎에 알을 낳고 알에서 깨어난 어린 벌레가 잎, 꽃, 과실을 갉아먹으며 자라는데 우리나라에서는 연간 3세대 정도 발생합니다.
-1∼2령기의 애벌레는 길이 1~1.5cm 정도로 새끼손톱만한 크기이며 주로 잎이나 열매에 붙어 피해를 줍니다. 1마리가 보통 3~4개 열매에 피해를 주는데 심하면 10개 이상의 열매에 해를 끼치기도 합니다. 1~2마리라도 벌레가 확인된다면 즉시 방제해야 피해를 최소화할 수 있습니다.
-어린 벌레가 열매 안으로 파고 들어가 생긴 구멍은 빗물이나 병원성 곰팡이가 침입하기 좋은 조건을 만들어 고추를 썩게 하거나 열매 떨어짐, 상품성과 수량 감소를 가져옵니다.
※ 2015년 경북에서는 강수량 부족(강수일수가 많을수록 나방 활동이 저조함) 등으로 전년 대비 담배나방이 1.5배 많이 발생해 고추 농가가 큰 피해를 봤습니다.
-담배나방은 어린 벌레가 주로 새로운 잎을 갉아 먹거나 열매 속을 파고들어 작물 수량에 직접적인 영향을 주므로 초기 방제가 매우 중요합니다.
-담배나방 애벌레는 열매를 파먹으며 속으로 들어가기 때문에 농약을 뿌려도 몸에 약액이 묻지 않아 방제가 쉽지 않습니다.
-담배나방의 효과적인 방제를 위해서는 애벌레의 몸집이 커져 고추로 들어가는 3령(길이 약 2~3cm 정도)이 되기 전, 예찰을 통해 약제를 뿌려야 한다.
※ 령 : 탈피 횟수에 따른 애벌레의 나이
-노지와 하우스 모두 담배나방이 발생하나 노지에서 재배하는 고추는 꽃이 피고 열매가 달리는 6월 이후 담배나방 피해를 보기 쉽습니다. (고추 시설 재배 면적은 전체의 10% 정도임)

나방 약을 치시더라도ㅡ
먼저 벌레먹은것은 따서 고추자체를 발로 밟아서 고추속 애벌레를 죽여요ㅡ
약으로는 안됩니다ㅡ
그냥 버리면 성충이되어 나방으로 자라서 다시 밭으로 옵니다ㅡ
항상 약을 치기전에 작업부터 먼저 하시는게 순서라 생각합니다

지긋지긋한 담배나방 피해로 보입니다. 열매에 구멍이 뚫려있고 시간이 지나면 색이 누렇게 변하며 썩어들어가고 약해지니 곰팡이나 세균성 병증 비슷한 부위도 보이곤 하는 것 같습니다.