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고추 역병이 아닐까 싶습니다. 병든 그루의 땅가 부분과 굵은 뿌리가 물에 데친것처럼 되면서 썩는데, 껍질의 벗겨보면 줄기내부가 연한 갈색이나 암갈색으로 썩어있습니다. 병을 일으키는 병원균의 포자 덩어리가 감염부위에 하얗게 보이기도 합니다.
역병이 걸리지 않게 하시는 방법은 저항성이 있는 품종을 선택해서 재배하시고, 토양이 장기간 과습하지 않도록 배수가 잘 되도록 해주셔야 합니다. 병든 포기는 뿌리주변 흙과 함께 제거하여 밭 밖으로 버리고 등록약제를 병든포기 주변에 흠뻑 주시는 것이 좋습니다.