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말씀해주신 내용으로 보아 고추 바이러스병 아니면 역병이 아닐까 의심됩니다.
바이러스는 대부분 잎이나 열매가 쭈글쭈글 해지는 등 기형이 되며 잎은 황화 하여 심하면 잎이 떨어지면서 작물 전체가 죽는 경우가 있는데 피해의 원인으로는 총채벌레, 진딧물, 종자나 토양에 의한 전염으로 발생 할 수 있고 역병은 줄기가 암갈색으로 잘록해지며 말라서 죽게 되고, 생육 중기 이후에는 줄기가 잘록해지면서 썩고 점차 줄기 위쪽으로 감염되어 포기 전체가 말라 죽는 현상이 나타납니다. 두 병 모두 발생한 작물의 경우 모두 제거 해주시는 것이 좋고 두 병 모두 발생 전에 예방 해주시는 것이 좋습니다.
고추를 따셔서 가까운 농약사에서 정확한 확인을 해보시는 것도 좋을 것 같습니다.