이듬해에 재배하시면 병이 다시 올 수 있으므로 저항성 품종을 재배하는것이 좋습니다. 현재로서는 바이러스병을 방제할 수 있는 농약은 개발되어 있지 않으므로 방제에 신경써주시는 것이 좋겠습니다.

총채벌레는 정식 직후부터 발생되기 시작하여 5월 중순에 가장 많이 발생합니다. 정식 직후부터 계통이 다른 2가지 이상 약제를 번갈아 살포하고 토마토반점위조바이러스가 발생한 고추는 제거합니다. 하우스 주변 잡초도 꾸준히 방제해주셔야합니다.

주로 총채벌레로 전염되며 총채벌레가 유충 시기에 바이러스를 보독하여 죽을때까지 전염시키며 접촉에 의해서는 전염이 이루어지지 않습니다. 번데기로 토양에서 월동하거나 암컷 성충이 주변 잡초에서 월동하여 이듬해에 전염원이 됩니다. 따라서 노지 잡초가 있다면 고추 정식 전 제거해주는것이 좋습니다.