마늘, 양파, 파 등은 유기질비료의 사용효과가 큰 작물이지만 잘 썩지 않은 퇴비나 축분을 사용하면 토양속에서 부숙될 때 발생하는 냄새 때문에 어른벌레가 유인되어 많은 산란을 하게 되므로 완전히 부숙된 것을 사용하는 것이 중요하다. 고자리파리와 씨고자리파리는 토양해충이기 때문에 약제방제에서 가장 중요한 것은 적기에 약제를 살포하는 것이다. 농약은 농약 등의 안전사용기준에 따라 적용대상 농작물 및 병해충에 정해진 사용방법, 사용량, 사용시기 및 사용가능횟수를 지켜 사용하여야 한다. 마늘이 파종된 후 월동 전에도 애벌레가 계속적으로 식물체에 피해를 주기 때문에 파종 전 토양처리에 의한 방제가 꼭 필요하다. 월동 후에는 애벌레 발생량이 3월 중순에 가장 많으므로 애벌레가 식물체를 가해하기 전인 3월 상순경에 약효가 긴 적용약제를 처리하는 것이 바람직하다.