형태
작은뿌리파리 성충은 크기는 1.1~2.4mm이며 머리는 흑갈색이고 몸은 대체로 검은색을 띤다. 알은 타원형으로 길이는 0.2mm정도이며, 알 덩어리 또는 낱개로 낳는다. 유충은 4령까지 있으며, 유충의 몸길이는 4mm정도로 머리는 검고 몸은 투명하여 섭식한 먹이가 보인다. 번데기는 연한 황갈색으로 촉각과 다리가 밖으로 나와 있다.
알은 덩어리로 낳으며 색깔은 옅은 담황색이면서 타원형이고, 알은 대부분 토양 표면에 10개 이상의 알 덩어리 혹은 낱개로 산란하는데 기주식물에 산란하는 경우도 가끔 있다.
유충은 1령, 2령, 3령을 거쳐 4령까지 성장하며 노숙 유충(4령충)의 몸길이는 약 4㎜ 정도이고 폭은 약 0.2㎜ 정도이고, 가슴과 배는 흰색으로 반투명하기 때문에 내부의 소화관을 볼 수 있으나 머리는 딱딱하며 검은색이다.
번데기는 연한 황갈색으로 타원형이고 촉각과 다리가 외부로 나와 있다.
성충의 몸 형태는 모기와 비슷하게 생겼으며 몸길이는 암컷이 1.1～2.4㎜이고 수컷은 1.2～1.3㎜로 매우 작은 파리류이다.