고추에 주로 발생하는 바이러스는 누른모자이크바이러스, 줄기괴저바이러스, 오이모자이크바이러스, 고추얼룩바이러스, 고추연한얼룩바이러스, 잠두위조바이러스, 토마토반점위조바이러스, 사탕무황화바이러스, 감자바이러스 등이 있습니다 1가지 바이러스에만 감염되는 단일감염외에 2가지 이상에 감염되는 복합바이러스의 경향도 많이 보입니다. 바이러스가 발생한 경우 치료약은 없기 때문에 감염된 나무를 즉시 제거하고 그 잔여물도 건전한 나무들과 분리하여야 합니다. 바이러스에 감염이 되는 원인으로는 종자, 토양, 접촉, 해충이 있습니다. 대부분의 바이러스는 70도에서 불활성화 됩니다. 그러므로 토양 열소독과 건전한 종자 및 모종 사용, 농작업 시 위생상태와 진딧물,총채벌레,가루이 등 바이러스 매개충을 방제하므로써 바이러스 예방을 할 수 있습니다.