마늘 썩음 균핵병은 완전 방제가 어려운 것으로 알려지고 있는데요 다만 병원균의 병원원인을 사전에 차단하는 것이 효과적이라 생각되며 일단 지상부에 피해가 나타나면 방제가 어렵습니다. 오염지역에서는 농기계 공동사용을 하지 않는 것이 좋으며 사용 후 반드시 농 기계를 소독 세척 후 사용해주고 병든 포기는 일찍 제거하여 잔재물을 없애주세요. 그리고 피해를 받았던 식물체는 퇴비로 사용하지 않는게 좋으며 발생이 심한 포장은 4~5년 파속 식물 외의 작물로 돌려짓기 해주시는 게 좋습니다.
마늘흑색썩음균핵병은 밭마늘 재배시 주로 문제가 되며, 반드시 파종전에 종구소독과 파종후 분무처리를 해야 효과적으로 방제할 수 있습니다. 지금 시기에는 마늘이 제법 자랐으므로 파종전 처리제는 무의미하고, 가능하다면 호리쿠어 유제로 정량을 타서 약량이 충분히 적실 수 있도록 물조루 등으로 흠뻑 비닐사이로 관주하는게 최선의 방법입니다