사과 갈색무늬병은 8월 이후 급증하여 9~10월까지 계속됩니다. 여름철 비가 잦고 기온이 낮은 해에 발생이 많으며 배수불량, 밀식, 농약 살포량이 부족한 과수원에서도 발생이 많습니다. 장마 후에 관수와 배수를 철저히 하며 균형있는 시비와 적절한 여름 전정을 통하여 바람이 잘 통하고 햇빛이 잘 들도록 해야 합니다.
빠르면 5월 말~6월 초에 잎에서 병징을 관찰하실 수가 있는데, 초기 병반이 확인되는 즉시 약제를 살포해야 하며 병이 어느 정도 진전되면 약제살포만으로 충분히 방제하기 어려우므로 예방에 초점을 맞추어 방제해야 합니다. 잦은 강수 후에는 예방차원의 추가방제를 해주시는 것이 좋습니다
병에 걸린 낙엽을 모아 태우거나 땅속 깊이 묻어 월동전염원을 제거하는 것이 좋은 방제방법입니다.
사과 탄저병은 아카시나무와 호두나무가 병을 옮기느 중간기주가 되므로 사과원 주변에서 없애시는 것이 좋습니다. 7월 이후에 사과나무 윗부분에 탄저병 과실이 발생하였을때는 병원균이 빗물등을 따라 아랫부분 가지와 과실로 전염될 수 있기 때문에 수시로 발병된 과육은 제거해야 합니다. 과실에 봉지씌우기를 하면 병원균의 전염이 차돤됩니다.