깨씨무늬병은 전체 생육기에서 발생하는 병이지만 보통 벼의 생육 중기인 7월 중~8월중순부터, 후기인 8월 중순~9월 말에 발병이 늘어납니다. 이삭이 팬 이후 고온다습한 환경에서 발생이 증가하며, 발생 초기에는 잎 도열병과 혼동하기 쉬우며 심한곳에서는 생육후기까지 피해를 줍니다.
조기 조식과 재식본수가 많을 경우에 발생이 많으며 토양이 노후화한 곳이거나, 양분 유실이 많은 사질토 등에서도 발생이 많습니다. 이삭에 전염원으로 되는 분생포자는 지엽으로부터 3～4 엽위의 병반에서 주로 형성됩니다.
이 병을 방제하기 위해서는 논을 객토하고, 퇴구비, 가리 규산 자재 등을 시용하여 발병을 경감시키는 것이 좋습니다. 생육후기에 벼의 생육이 쇠퇴하지 않도록 비료를 나누어서 주고 깊게갈아 비료를 장기간 안정하게 흡수시키도록 하는 것이 좋습니다. 땅심을 길러주시는것을 기본으로 하시고 그래도 병이 발생했을때는 등록약제로 적기에 방제하시는 것이 도움이 됩니다.