노균병은 육묘기와 월동전후에 1차적인 피해가 발생하며 대부분 토양속 병균이 옮겨지면서 확산됩니다. 노균병 피해를 예방하기 위해서는 되도록 연작을 피하고 부득이 연작을 해야 할 경우 토양을 소독한 후 양파 모종을 심기 전 살균제를 살포하고 비닐을 덮어주셔야 합니다. 이때 사용하는 대표적인 농약으로는 "후치왕", "기선제압", "광야" 등이 있고 유기농 살균제로는 "병해뚝", "코마에이치"가 있습니다.
흑색썩음균핵병이 발생하면 그해 양파는 수확 할 때까지 대응할 방법이 없기 때문에 양파를 심기 전에 토양살균제를 살포하고 비닐을 덮어 4주간 살균 작업을 실시한 후 양파를 심어주어야 합니다. 양파모종을 "카스테란", "사파이어"로 뿌리 침지처리하고 정식 전 '균핵용사','안심탄','선가드' 등을 이용하여 예방적 방제를 실시한 후 양파 모종을 심어주셔야 합니다.