고추 풋마름병은 세균이 원인이되어 토양에 병원균이 있다가, 흙과 물에 의해 전염되는 병입니다. 장마철과 완전히 부숙되지 않은 퇴비를 사용할경우, 토양환경이 불량할 경우에 병 발생은 더욱 심해집니다. 세균이 토양에서 4년정도 생존하며, 감염은 정식, 이식 및 농사작업에 의한 상처를 통해 쉽게 이루어집니다. 맡이 침수되거나 과습하면 병 발생이 조장되므로 특히 주의하셔야 합니다.
풋마름병균은 고온성세균이므로 장마가 지난 후에 비닐 피복을 제거하고 뿌리 주변의 토양 온도를 낮춰주는 것도 병 발생을 낮추는 한 방법이긴 합니다.