마늘에서 발생되는 잎마름병, 흑색썩음균핵병, 선충, 응애 등은 씨마늘을 통해서도 감염되므로 씨마늘은 반드시 소독하는 것이 좋습니다. 소독은 씨마늘을 양파자루에 넣고 벤레이트티 500배액+디메토유제 1000배액을 혼합하여 1시간 동안 담갔다가 그늘에 말린 후 파종하는게 좋다고 합니다. 마늘에 발생하는 병해충은 씨마늘과 토양에서 유래하기 때문에 씨마늘을 소독하였더라도 토양에서 유래하는 병해충이 발생할 우려가 있는 경우는 토양에 약제를 사용하는 것이 바람직합니다. 마늘 재배에서 토양 소독제는 파종 전에 토양에 살포하는 것이 일반적이고, 약제 방제는 마늘에 등록된 농약을 안전사용 기준에 의거하여 살포해야 합니다.