일단 작물철거 후 소독을 진행하셔야 하구요, 온실 상부부터 하부의 시설로 내려오시면서 하시면 됩니다. 특히 양액공급을 하신다면 양액배관 소독도 꼭 하시는 것이 좋습니다. 일반적으로 용도에 따라 페로산, 차아염소산나트륨, 질산 등의 소독제를 희석하셔서 사용하시면 좋습니다.
비닐하우스 등 시설 재배되고 있는 토마토, 파프리카, 고추 등 주요 과채류는 매년 같은 장소에 이어 짓기를 할 경우 병해충 발생 증가, 각종 생리장해 등 연작장해가 증가하게 된다고 들고, 이를 방지하기 위해서는 여름철 휴식기를 틈타 철저한 소독작업해 주는 것이 농산물 품질 향상에 도움이 된다고 합니다.
이를 위해 두 가지의 토양 소독방법(화학적, 친환경적)이 도움이 됩니다. 먼저 화학적 토양소독 방법으로는 토양을 경운하여 고른 뒤 소독약제(다조메입제)를 살포하여 깊이 15~25cm로 갈아 혼합합니다. 약제와 혼합한 토양을 비닐로 피복한 후 7~14일간 방치합니다. 비닐피복을 제거하고 2~3일 간격으로 2회 이상 경운하여 유해가스를 날려 보냅니. 가스가 완전히 제거된 것을 확인 한 후 작물을 심습니다. 이 방법은 약제사용 설명서를 숙지하고 사용방법을 반드시 준수해야 합니다.
친환경적 방법에 의한 토양소독 중에는 가장 널리 이용되고 있는 태양열 소독과 녹비작물 재배방법이 있습니다. 먼저 태양열 소독법은 장마가 지난 7~8월에 병 발생이 심했던 포장에 볏짚을 잘게 썰어 넣고, 깊이 20cm 정도로 경운을 한 후 적당한 거리로 이랑을 만들어 투명 플라스틱 필름으로 피복을 한 후 물을 가두어 둡니다. 이때 태양열을 많이 받을 수 있도록 필름이 찢어지지 않게 해야 합니다. 이와 같은 태양열 소독은 마늘 흑색썩음균핵병을 50% 줄일 수 있고 수량은 약 86%까지 증가시킬 수 있습니다. 녹비작물 재배에 의한 토양소독법으로는 연작으로 시설 내 토양 염류농도가 높아졌을 때 헤어리베치, 완두콩, 보리, 호밀, 콩, 수수 등을 재배하면 토양 내 염류 농도와 병해충 밀도를 낮출 수 있습니다. 또한 산성토양을 중화시킬 수 있어 웃거름을 30% 적게 사용해도 되는 이점이 있습니다.
수경재배 시설하우스의 급액 장치 소독은 물에 질산을 첨가하여 강산성수로 만든 후 급액장치에 흘려보내 벽에 낀 염류와 병원균의 잔류물을 씻어내고, 그런 다음 급액장치는 다시 수산화나트륨 등 알칼리 용액으로 중화시켜 주어야 다음에 재배하는 작물의 장해 발생을 방지할 수 있습니다.