고추에 잘 발생하는 대표적 병해충으로는 역병, 탄저병, 담배나방이 있습니다. 역병은 다습한 조건에서 많이 발생하고, 토양전염병으로 일단 발생한 후에는 방제효과가 낮고 연작을 할 경우에는 피해가 더 커집니다. 비오기 전후로 등록약제를 주기적으로 살포해주시고 역병이 자주 발생하는 밭에는 콩과작물이나 옥수수, 보리같은 화본과 작물로 돌려짓기 하는것이 좋습니다. 탄저병은 고온다습한 조건에서 많이 발생하는데, 빗물에 의해 균이 전파되므로 두둑을 높이고 골을 피복하여 빗물에 의해 식물체에 흙이 튀는 것을 막아주어야 합니다. 비가림재배를 하면 더 좋습니다. 병든 열매는 발견 즉시 제거하는 것이 약제를 살포하는 것보다 더 효과적입니다. 담배나방은 유충이 열매속으로 들어가 먹어치우는데, 피해를 입은 고추는 연부병에 걸리거나 부패하여 떨어집니다. 알에서 깨어난 어린 벌레는 곧바로 열매 속으로 들어가므로 그 전에 약제를 살포하는 것이 효과적입니다.