병원균이 겨울을 지내는 곳에서 비산된 포자가 과실에 부착하지 못하게 하는 봉지 씌우기 재배가 가장 효과적인 방법입니다. 우리나라에서는 봉지 씌우기를 6월 상순에서 중순에 걸쳐 이행하는데 겹무늬썩음병 방제만을 고려한다면 장마가 시작되기 전까지만 봉지를 씌우면 방제에는 큰 문제가 없습니다. 이 병은 감염가능 기간이 길고 이 기간 중 비만 오면 언제든지 대량감염의 우려가 있으므로 최대 비산 및 감염시기가 되는 장마기 전부터 8월하순까지 매회 방제효과가 높은 약제를 살포해야 합니다. 전정한 나무가지를 사과원에 방치하지 않도록 하는게 좋고 약제 살포시 가지에 약이 충분히 묻도록 하는 것도 중요합니다.