콩밭의 제초는 초기 생육을 왕성하게 하여 잡초의 발생 및 생육을 억제하는 것이 중요하고 파종 직후에 살포된 토양처리제의 효과는 파종 후 40일 정도 지속되며 파종 후 40일 이후에는 콩잎이 우거져 잡초의 발생 및 생육이 억제 되어 콩 수량에는 큰 영향이 없다보니 초기방제가 매우 중요합니다. 콩밭에 사용되는 토양처리 제초제는 인근 논에 흘러들어 갈 경우 벼에 약해를 입을 수 있으므로 많은 비가 예상되는 경우에는 사용을 금해야 하고 인근 논으로 들어가지 않도록 별도록 배수로를 설치하여 약해 피해를 입지 않도록 해야 합니다. 생육중기에 사용하는 경엽처리제를 사용하는 경우에도 인근 논으로 들어가지 않도록 해주셔야 하고 건답직파용 약제의 경우 콩에 극심한 약제를 입힐 수 있어 사용을 금하는 것이 좋습니다.
들깨에 적용된 제초제는 화본과 선택성 제초제인 플루아지포프-피-뷰틸유제가 유일하므로, 잡초방제에 어려움이 있습니다. 재배기간 중 8월 하순에서 9월 상순경 녹병이 많이 발생하여 수량을 크게 떨어뜨리므로 예방 차원에서 약제방제를 하는 것이 중요합니다.