고추 농사의 경우 수확 후 고추 잔재물을 그대로 두게 되면 병균 및 해충들이 잔재물 안에서 월동하여 다음 해 고추 농사에 영향을 줄 수 있습니다. 긴 장마와 태풍 등으로 인해 고추에 탄저병 및 칼라병(토마토반점위조바이러스)이 많이 발생하는데, 특히 탄저병의 경우 병원균이 포장에 버려진 병든 과실이나 고춧대에서 월동한 후 재발생 할 수 있습니다. 또한 칼라병을 매개하는 총채벌레도 월동 후 다시 병을 발생시킬 수 있기 때문에 고추 잔재물을 태우거나 포장으로부터 멀리 떨어진 곳에 버려야 합니다. 고추 잔재물이 제거된 포장에 퇴비를 살포하여 충분히 부숙될 수 있게 함으로써 미부숙 퇴비 살포로 인해 발생할 수 있는 피해를 줄이는 것도 수확 후 포장 관리에서 중요 합니다.