사진이 없어 정확한 확인이 어렵지만 총채벌레에 의한 바이러스인것 같습니다. 꽃이 필 무렵 부터 꽃 내부나 어린 과일의 꽃바침 부위에 주로 기생해서 흡즙하므로 피해 과일은 자라면서 기형과가 생기거나 과피에 갈색 또는 회색의 지저분한 흔적이 남게 됩니다. 만일 총채벌레에 의한 피해가 맞다면 약제를 사용하시는 경우는 여러가지 계통의 약제를 번갈아 사용하시는 것이 좋고 발생되는 시기에 3-5일 간격으로 3회에 걸쳐 사용해주는 것이 효과적이지만 사용하시는 약제에 따라 방법이 다르므로 잘 확인 후 사용 하셔야 할 것 같습니다. 생리적인 방제로는 천적(미끌애꽃노린재, 으뜸애꽃노린재, 오이이리응애등)을 사용하는 방법도 있습니다.
말씀해주신 내용만으로 정확히 파악은 어렵지만, 총채벌레의 피해로 예상됩니다 이 해충은 생장점 주변 연한 부분을 빨아먹어 고추는 기형이되고 잎이 쭈글쭈글해지는 증상이 나타납니다. 특히 건조할때 발생이 잦은데 최근 지속된 가뭄으로 인해 피해가 크다고 들었습니다. 밭에 많이 번진 상황이라면 3일 간격 연속으로 3회 정도 약을 살포후 주기적으로 다시 방제 하시는 방법도 있으나 정확한 건 근처 농약방에 가셔서 진단을 받아보시는 것이 좋을 듯 합니다.